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Eine Neuerung unter El Capitan: Durch die „System Integrity Protection“ (SIP) sind die Systemordner /System, /bin, /usr und /sbin selbst durch Systemadministatoren nicht mehr beschreibbar. Da Homebrew normalerweise unter /usr/local installiert wird, ist die Paketverwaltung nicht mehr lauffähig. Beheben lässt sich dies, indem die Zugriffsrechte für den Ordner geändert werden.
Terminal:
sudo chown -R $(whoami) /usr/local